واستنكر الشوبكي الاعتقاد التام في المرجعية الإسلامية على أساس أنها مرجعية كاملة، وقال: "أنا لا أدري لماذا يعتقد المنتمون للتيار الإسلامي أن المرجعية الإسلامية هي الحل؟!"، وطالب بضرورة أن "ينتهي هذا الفكر بعد الثورة تمامًا، قائلاً: "كيف يتواجد هذا الفكر في عام 2011".
وأشار، خلال الندوة التي عقدت، اليوم الثلاثاء، بكلية الهندسة في جامعة القاهرة، تحت عنوان "ملامح الدولة الديمقراطية في ظل المرجعية الدينية"؛ إلى أن "عملية الاستفتاء على التعديلات الدستورية، كشفت مدى القصور السياسي لدى قيادات السلفية".
وأكد أن كل تجارب الحكم في الدول التي اعتمدت على المرجعية الدينية فشلت بكل المقاييس كأفغانستان، والسودان، وأرجع ذلك إلى عدم امتلاك نظم الحكم ذات المرجعية الإسلامية الأدوات التي تمكنها من مخاطبة الجماهير، وتمكنها من الاستمرار والبقاء.